Tiene como objetivo administrar con eficiencia, eficacia y transparencia los fondos y valores propiedad del Gobierno Federal y los que están bajo su cuidado, así como proporcionar información oportuna para la toma de decisiones y la rendición de cuentas.

Por medio de este esquema, el gobierno pretende promover la bancarización en los pagos electrónicos a proveedores, servidores públicos y de agencias ejecutoras de los programas sociales.

Entre sus principales funciones destacamos las siguientes:

• Administrar todos los recursos financieros del Gobierno Federal depositados en el Banco de México, la banca comercial y la banca de desarrollo.
• Recibir, concentrar y custodiar todos los fondos y valores producto de la aplicación de la Ley de Ingresos en coordinación con el Sistema de Administración Tributaria y por otros conceptos que deba recibir el Gobierno Federal por cuenta propia o ajena.
• Proporcionar servicios de administración de depósitos por garantías y depósitos de dependencias, entidades públicas, fideicomisos y otros.
• Calcular y proyectar el flujo de fondos del Gobierno Federal para determinar el nivel de disponibilidades de caja.
• Apoyar, en las materias de su competencia, la coordinación de acciones que efectúen la Secretaría de Hacienda y Crédito Público y  de  que incidan en el movimiento de fondos federales y su comprobación.

Actualmente se apoya de 18 bancos auxiliares en donde se tienen 3780 cuentas a nombre de dependencias de la administración pública, de las cuales 1721 ya fueron homologadas y cumplen con los lineamientos establecidos para el nuevo sistema. De esas cuentas, 54% es para los fondos rotatorios; 15% para el pago de nóminas; 16% para los subsidios gubernamentales, y 10% para comisionados habilitados.